As fendas orofaciais fazem parte de um grupo heterogêneo de anomalias craniofaciais (ACF), compreendendo principalmente as fendas orais típicas (FO) com uma prevalência global de 1 a cada 700 nascimentos, e que envolvem o lábio (FL), lábio e/ou palato (FL/P) e o palato (FP). Além das FO, fendas atípicas (FA) são mais raras, e afetam estruturas da face e crânio, geralmente associadas a quadros sindrômicos. Do ponto de vista etiológico, as FO são heterogêneas e multifatoriais, causadas por fatores genéticos, exposição a fatores ambientais, ou até mesmo a interação de ambos. As FO podem ser classificadas em FO não sindrômicas (FONS) e FO sindrômicas (FOS), de acordo com a presença ou não de sinais clínicos associados. Entre as FOS, aproximadamente 75 têm uma causa genética conhecida que evidencia um padrão de herança mendeliano, podendo ser detectada por cariótipo ou microarray (Chromosomal Microarray Analysis – CMA). Entretanto, não são todos os casos que são elucidados após o uso do cariótipo e do CMA. O uso das tecnologias genômicas, como o sequenciamento completo do exoma (Whole Exome Sequencing – WES) ou do genoma (Whole Genome Sequencing – WGS) têm contribuído para esclarecimento de diversas condições clínicas e inter-relações gênicas em casos de FONS e FOS, e na investigação de FOS, tem possibilitado a conclusão diagnóstica entre 16,7 e 35,27 . No caso da população brasileira, a Base Brasileira de Anomalias Craniofaciais (BBAC) está ativa desde 2008, e tem como proposta o registro e seguimento evolutivo de indivíduos com ACF, com protocolo uniformizado para coleta de dados sociodemográficos, caracterização clínica e laboratorial baseadas em recomendações internacionais recentes. No presente estudo, tendo em vista as novas tecnologias disponíveis, a escassez de informações genômicas sobre FO de modo geral e a compreensão da importância deste grupo populacional, a técnica de WES foi utilizada para investigação etiológica de indivíduos com FOS registrados na BBAC. Até o momento, foram incluídos 58 indivíduos, previamente testados por CMA, sem variantes patogênicas e sem diagnóstico específico. Destes, em 33 a análise foi concluída, e foram encontradas variantes de interesse em 12 indivíduos: seis variantes classificadas como patogênicas, sete variantes classificadas como provavelmente patogênicas e duas como VUS. Em sete indivíduos o diagnóstico foi conclusivo (21,21 ), em cinco o diagnóstico foi inconclusivo (15,15 ) e em 21 não foram detectadas variantes de interesse (63,63 ). Dos genes encontrados nas variantes patogênicas e provavelmente patogênicas conclusivas (TP63, IRF6, SATB2, MECP2, SOX9, NHS, SHH e MYH3), todos já foram associados com FO previamente, e preenchem os critérios para definir o diagnóstico conclusivo neste estudo. Nossos dados preliminares mostram que a aplicação do WES permitiu a conclusão diagnóstica em 21,21 dos casos.