O Brasil possui uma das populações mais geneticamente miscigenadas do mundo, resultado de contribuições históricas de ancestrais nativos americanos, europeus e africanos. Apesar da crescente importância da farmacogenômica (PGx) na medicina personalizada, estudos integrando DNA mitocondrial (mtDNA) permanecem limitados, especialmente em populações miscigenadas. Desta forma, este trabalho caracterizou variantes de mtDNA em 1.171 idosos paulistanos da coorte SABE, investigando a ascendência materna através de haplogrupos e identificando variantes PGx relevantes. Foram identificadas 431 variantes homoplásmicas de mtDNA, revelando alta diversidade materna com predomínio de haplogrupos europeus (H, T e J), além de contribuições significativas africanas (L0-L4) e nativas americanas (A-D). A análise comparativa demonstrou predomínio de ascendência europeia no perfil autossômico, contrastando com a diversidade observada na linhagem do mtDNA. Identificaram-se oito variantes de mtDNA com relevância em PGx, incluindo variantes de alta evidência como m.1555A>G e m.1095T>C, associadas à ototoxicidade por aminoglicosídeos, e variantes do LHON (m.11778G>A, m.14484T>C) relacionadas à disfunção mitocondrial. Variantes de menor evidência, exemplificadas pela m.10398A>G, mostraram maior frequência e frequente sobreposição com efeitos adversos da terapia antirretroviral. Os achados evidenciam a importância da inclusão do mtDNA em investigações de PGx, especialmente em populações miscigenadas, podendo fundamentar estratégias terapêuticas baseadas em ancestralidade e políticas de saúde pública direcionadas aos medicamentos do sistema público brasileiro.
