O Programa de Pós-Graduação em Gerontologia da Unicamp foi instalado em 1997, a partir da iniciativa de um grupo de professores de vários departamentos que estudavam velhice e envelhecimento. Como a liderança desse grupo era exercida por docentes da Faculdade de Educação, o Curso foi proposto a partir do Departamento de Psicologia Educacional dessa unidade. Aprovado pelo Conselho Universitário em dezembro de 1996 e pela Capes no começo de 1997, o primeiro exame de seleção aconteceu em março de 1997.
A primeira turma, com 14 alunos de Mestrado e seis de Doutorado selecionados dentre 97 candidatos, começou a frequentar o Curso em abril de 1997. Psicólogos, pedagogos, sociólogos, antropólogos, demógrafos, filósofos, médicos e enfermeiros integravam o corpo docente e interagiam com alunos das mais diversas formações. Nessa época havia forte demanda reprimida pela pós-graduação em Gerontologia, o que determinou que na primeira turma houvesse um grupo de profissionais maduros, especialmente em Geriatria e em Gerontologia Social. Essa turma deu e até hoje oferece uma colaboração importante à constituição do Curso.
O Mestrado em Gerontologia continuou seu curso e vem se consolidando até os dias de hoje, basicamente com a mesma estrutura implantada em 1997. Na avaliação das atividades do triênio 2001-2003, obteve o conceito 4 e na do triênio 2004-2006, o conceito 5, o que se repetiu no triênio 2007-2010, lembrando que essa é a nota máxima que a CAPES atribui a um Programa de Mestrado.
Refletindo as tendências de crescimento da população idosa, de aparecimento de novas políticas sociais em seu favor e a implantação de novas práticas no campo da saúde pública, ao longo dos anos aumentou a procura do Curso por alunos com formação nas áreas de Medicina, Fisioterapia, Odontologia, Educação Física, Terapia Ocupacional, Fonoaudiologia, Enfermagem e Psicologia. Da mesma forma, vários médicos e pesquisadores da Faculdade de Ciências Médicas da Unicamp aproximaram-se da área. Simultaneamente, houve diminuição de novos contratos de professores e ocorreram mudanças na sistemática de aposentadoria nas Universidades públicas, o que afetou mais a configuração do corpo docente proveniente das Ciências Sociais e das Ciências Humanas do que o da Medicina. Essas razões determinaram a decisão do Curso de Gerontologia de solicitar transferência da Faculdade de Educação para a Faculdade de Ciências Médicas, o que veio a se efetivar no segundo semestre de 2007, sendo que a instalação do Curso na nova unidade de ensino e pesquisa ocorreu em janeiro de 2008. Manteve-se intacto o caráter interdisciplinar, refletido na estrutura curricular e nas linhas de pesquisa. Hoje, grande parte dos professores do Curso está vinculada à Faculdade de Ciências Médicas, uma docente à Faculdade de Odontologia, uma ao Departamento de Antropologia do IFCH e três à Faculdade de Educação da Unicamp. Três docentes são do curso de graduação em Gerontologia da Escola de Ciências, Artes e Humanidades da USP em Ermelino Matarazzo, São Paulo e uma à Universidade Cidade de São Paulo.
